Os khoisan atuais podem ser descendentes de povos caçadores-recolectores que habitavam toda a África Austral e que desapareceram com a chegada dos bantos a esta região, há cerca de 2000 anos. Não é provável que os bantos tenham exterminado os khoisan, uma vez que algumas das suas características linguísticas e físicas foram assimiladas por vários grupos bantos, como os xhosas e os zulus. É mais provável que a redução do seu território de caça, derivado da instalação dos agricultores bantos, tivesse sido uma causa para a redução do seu número e da sua área de vida.
Um estudo genético de um grande número de populações humanas atuais, feito desde 2003 por Sarah A. Tishkoff da Universidade da Pensilvânia [1] sugere que o "berço da humanidade" ficaria na região dos Khoisan (antes chamados de Hotentotes), mais exatamente na área mais próxima do litoral da Fronteira Angola-Namíbia. Aí foi encontrada a maior diversidade genética, baseada num gene traçador que, comparado com a de outras populações, indica a possível migração das populações ancestrais para o norte e para fora da África, há cerca de 250 gerações.
Até à instalação dos holandeses e franceses huguenotes na África do Sul, há cerca de 200 anos, estes povos ainda povoavam grandes extensões da Namíbia e do actual Botswana, mas foram praticamente exterminados, uma vez que não aceitavam trabalhar nas condições que os novos colonos exigiam.
Estes colonos chamaram-lhes hotentotes - que significa "gago" na língua neerlandesa, provavelmente devido à sua língua peculiar - ou bushmen, ou seja "homens da floresta", termo que foi adaptado para a língua portuguesa como bosquímanos. Ambos os nomes têm, actualmente, uma conotação pejorativa, assim como o termo san usado para um grupo específico de khoisan, mas que na sua língua significa estrangeiro. Os nomes que se utilizam actualmente são derivados dos nomes das suas línguas (ver línguas khoisan). No entanto, a palavra hotentote continua a ser utilizada nos nomes de várias plantas e animais da África do Sul, como o chorão-das-praias (Carpobrotus edulis, em inglês Hottentot fig, "figo hotentote"), ou o toirão-hotentote (Turnix hottentotta).
Fisicamente, os khoisan são em média mais baixos e esguios que os restantes povos africanos. Além disso, possuem uma coloração de pele amarelada e prega epicântica nos olhos, como os chineses e outros povos do Extremo Oriente. Algumas destas características são agora comuns a outros grupos étnicos sul-africanos, sendo patentes por exemplo em Nelson Mandela.
Uma outra característica física dos khoisan é a esteatopigia das mulheres (grande desenvolvimento posterior das nádegas), que levou a que uma mulher tivesse sido levada para a Europa no século XIX e usada para exibição em feiras, a famosa Vénus Hotentote.
Os khoisan possuem o mais elevado grau de diversidade do DNA mitocondrial de todas as populações humanas, o que indica que eles são uma das comunidades humanas com uma história mais antiga. O seu cromossomo Y também sugere que os khoisan se encontram do ponto de vista evolucionário muito perto da raiz da espécie humana.